LIIGH, talento joven para la investigación independiente en genómica

Por Israel Pérez Valencia

Santiago de Querétaro, Querétaro. 6 de septiembre de 2018 (Agencia Informativa Conacyt).- Talento joven, investigación independiente, colaboración nacional e internacional pero, sobre todo, grandes ideas, son las columnas que sostienen el trabajo que se realiza en el Laboratorio Internacional de Investigación sobre el Genoma Humano (LIIGH) de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), campus Juriquilla.

Las ciencias genómicas son la última revolución de la biología, implican el conocimiento integral del genoma completo de diferentes organismos y utilizan esta información para conocer en forma integral la evolución y la fisiología de las células y los organismos. Ante ello, un grupo de investigadores de la UNAM se planteó el objetivo de desarrollarlas en México, a través del trabajo de jóvenes especialistas con gran trayectoria académica, talento e ideas, de acuerdo con el director del LIIGH, Rafael Palacios de la Lama.

“Fuimos a ver al entonces rector de la UNAM, Juan Ramón de la Fuente, y se estableció un comité para proponer ideas. Lo que se determinó fue que, más allá de los equipos o edificios, era importante dar impulso a la formación de especialistas con las bases que se requieren, en tres disciplinas, que son las matemáticas, la programación y la biología moderna a través de la licenciatura en ciencias genómicas, creada en 2004, que considero es la más completa a nivel mundial, porque tuvimos el acierto de adelantarnos a nuestra época. En la página de Internet tenemos cartas de investigadores muy reconocidos a nivel internacional que destacan nuestra licenciatura”.

Impulsar investigadores independientes

Destacó que la concepción básica del LIIGH es que los jóvenes con una gran formación académica, talento e ideas, que terminaron su formación de licenciatura, doctorado y posdoctorado, adquieran todas las capacidades para desarrollarse como investigadores independientes.

Doctor Rafael Palacios de Lama. Director LIIGH UNAM.“El punto crítico es que a los jóvenes, a partir de los 30 años, hay que darles libertad como investigadores para aprovechar su talento. Esto no es muy común en México y en general en el mundo; comúnmente se desarrollan a una edad más avanzada y se integran a las instituciones como investigadores asociados bajo la tutela de uno ya establecido. En este momento, el laboratorio tiene dos investigadores seniors, que somos un servidor y el doctor Guillermo Dávila, que llegamos acá con la idea de apoyar a los jóvenes; dos investigadoras asociadas, que son Margarita Flores y Margareta Boege, y cinco investigadores independientes —o junior faculty— que ya tenemos contratados. En esta primera etapa queremos llegar a incorporar un total de 15 grupos liderados por investigadores jóvenes”.

Subrayó que uno de los planteamientos de este laboratorio es romper los esquemas y que los jóvenes científicos se visualicen como investigadores independientes para que desarrollen sus propios proyectos, busquen colaboraciones y financiamientos para llevarlos a cabo.

“Esto es algo que van a tener que hacer inevitablemente en su vida profesional y qué mejor que sea a los 30 años. La edad promedio a la que recibe su primer donativo un investigador en Estados Unidos es a los 42. Con este proyecto les estamos ahorrando diez años. Un investigador joven, además de su trayectoria académica, necesita un ambiente de alto nivel de colaboraciones nacionales e internacionales, donativos para su investigación, estudiantes graduados para guiar, además de producir investigación, a través de publicaciones de muy alto nivel académico”.

Palacios de la Lama subrayó que para promover el ambiente académico que requieren estos investigadores independientes, el LIIGH , junto con el Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad (Langebio) del Centro de Investigación y de Estudios Avanzados (Cinvestav) del Instituto Politécnico Nacional (IPN), unidad Irapuato, y el Instituto Nacional de Medicina Genómica (Inmegen), se ha establecido la Red Nacional Genómica, además de la integración de otra red internacional de ciencias genómicas junto con el Cold Spring Harbor (CSH) de Nueva York, Estados Unidos, y otros investigadores.

“Tenemos un programa, liderado por la coordinación, que es de profesores visitantes. Son seminarios y mítines impartidos por destacados profesores investigadores internacionales con discusiones sin límite, esto es que no se trabaja con un tiempo dado sino que depende de las discusiones que se vayan dando y las inquietudes que surjan. También hay la oportunidad de que se reúnan con cada uno de nuestros investigadores quienes les presentan sus proyectos y donde reciben una retroalimentación directa”.

El director del LIIGH reconoció que los investigadores jóvenes independientes (Jr. Faculty del LIIGH) han logrado la obtención de recursos para sus proyectos de instituciones nacionales e internacionales, como el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Conacyt), a través de sus convocatorias de Ciencia Básica e Infraestructura; el Programa de Apoyo a Proyectos de Investigación e Innovación Tecnológica (PAPIIT) de la UNAM; el Instituto para México y los Estados Unidos de la Universidad de California (UC Mexus); el Programa ECOS. SEP-Conacyt-ANUIES-ECOS NORD del Acuerdo México-Francia; la organización de investigación biomédica Welcome Trust, de Inglaterra, así como el Cold Spring Laboratory, de los Estados Unidos.

“Además, estos jóvenes investigadores han tenido la oportunidad de publicar sus proyectos en revistas especializadas de gran prestigio internacional, como Genetics, Nature Reviews, Genome Research, Nucleic Acids Research, Proceedings of the National Academy of Sciences USA, BMC Genomics, entre otras”.

Investigación sobre la genética del cáncer en México

Una de las investigadoras independientes que colaboran en el LIIGH es Daniela Robles Espinoza, quien ha desarrollado desde hace unos años proyectos enfocados en conocer, de manera más precisa, la genética del cáncer en México, a través del análisis de datos con herramientas bioinformáticas.

“Existen grandes bases de datos públicos sobre el genoma del cáncer y pacientes alrededor del mundo que ya han sido secuenciados por consorcios internacionales, pero cuyos datos no han sido interpretados. En una primera línea de investigación, generamos preguntas que se pueden responder con estos datos. Al momento estamos estudiando cómo ciertas variantes genéticas comunes en la población aumentan el riesgo de desarrollar el cáncer, particularmente el melanoma o cáncer de piel. Los estudios anteriores se han enfocado en identificar la región del genoma donde se asocia el riesgo, pero no saben cuál variante genética en particular ni los mecanismos por los cuales se aumenta el riesgo. Ese es uno de los primeros proyectos que tenemos”.

Indicó que además de los datos obtenidos en Internet, su equipo cuenta con la colaboración con la Universidad de Leeds, en Inglaterra.

“Ya contamos con datos sobre la resecuenciación de estas regiones o variantes genéticas, además de que podemos catalogar cuáles tiene cada individuo, y con métodos informáticos, buscamos predecir su patogenicidad. Es una mezcla entre genética humana y bioinformática con algoritmos creados, tanto por nosotros como de otros grupos, para la predicción de los efectos de estas variantes”.

Puntualizó que la otra línea de investigación en su laboratorio es el desarrollo de métodos en bioinformática para identificar las variantes genéticas que causan alguna enfermedad, no solo cáncer, y que sean aplicables a cualquier estudio de genética humana o de otros organismos.

“Nosotros estamos desarrollando algoritmos visuales para esta priorización de variantes para ofrecerlo a la comunidad médica y científica. Hace un par de años establecimos una colaboración con el Instituto Nacional de Cancerología para estudiar a pacientes que tienen el tipo de melanoma más común en México, que se conoce como lentiginoso acral. Escribimos los protocolos para los consejos de ética, fueron aprobados el año pasado y al momento hemos reclutado aproximadamente a 150 pacientes al estudio, de los que ya tenemos el material de su tumor y su ADN constitutivo. Lo que sigue es secuenciarlo para encontrar las variantes genéticas o los eventos que llevan a desarrollar este tipo de cáncer”.

Han tenido además acercamientos con otras instituciones como el Hospital Médica Sur de la Ciudad de México y el Hospital Universitario de Monterrey, Nuevo León.

“Tengo dos estudiantes de doctorado. Carolina Castañeda lleva un año trabajando con estos datos y ya ha establecido colaboraciones internacionales, no solo con la Universidad de Leeds, sino también con la Universidad de California en San Diego y la Universidad de Vanderbilt de Nashville, Estados Unidos. El otro estudiante, Raúl Ossio, se encarga del diseño del programa interactivo bioinformático para poder interpretar datos. En su caso, es interesante porque él es médico, y no obstante quiso establecer un puente entre la medicina y la información genética. Christian Molina, quien se encuentra haciendo su posdoctorado en mi grupo, se encarga de la validación experimental de observaciones que hemos hecho por métodos bioinformáticos en líneas celulares; e Isaac García, estudiante de licenciatura, se encuentra trabajando en identificar variantes comunes en la población que aumentan el riesgo a padecer este cáncer de piel”, afirmó la joven investigadora. 

  

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